1、数据格式整理
格式和注意事项与分子标记格式相同，表型数据导入时，表型数目等同于标记数目，表型名称可以简化为数字，表型缺失数据用-999表示。另存为nts格式的操作和标记基因型一致，在此不再详述。
2、数据标准化
在Output&transf.菜单下选择，弹出下图界面，在Input file和Output file分别设置表型数据文件和标准化后的存储文件。设置好后点击Compute运行。
3、欧式距离矩阵计算
选择Similarity菜单下的Interval data，Input file选择标准化后的.nts数据文件，运算函数Coefficient选择EUCLID，数据保存在Output file，格式设为.nts。
1、相似性和差异性：关联、距离、34个关联系数和11个遗传距离系数。
2、聚类：UPGMA和其他等级结构的SAHN方法（可以是多重关系）、邻接法和共同树的几种形式。
3、图论方法：最短长度的生成树和用邻接法绘制图片（可以是无根系统树）。
4、 排序：主成分或主坐标分析、对应分析、度量与非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机分析、方案的多因素分析、常见的主成分分析、偏最小二乘、多关联性和典型相关。
5、图片互动：表征图、物种树、二维散点图，相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和三维视点绘图。
6、多变量测试：典型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟实验内容。
7、几何形态测量：包括Procrustes分析的特殊组件，用于叠加重点结构，绘制Procrutes分析的结果图片，绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立叶系数（包括2D和3D椭圆图片）和部分2D和3D的弯曲系数并估算统一部分。
8、其他：由同表象相关、Mantel测试，3-way Mantel测试，数据标准化和矩阵转化等进行矩阵对比。矩阵可分割或合并。
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